A propos de nous
06/07/12 08:39

A propos de nous

The team.

Un total de six centres de recherche espagnols et plus de 30 scientifiques sont impliqués dans un projet afin de générer le premier génome d'un lynx (le premier « brouillon référencé » du génome du félin, comme l'appellent les experts). Ils prétendent aussi créer un ensemble de marqueurs qui permettent d'analyser l'information génétique de cette espèce comme celle d'autres espèces.

Des spécialistes en génomique et en biologie ont uni leurs efforts et connaissances pour parvenir à ces deux objectifs, un travail qui se développe sous la coordination de la Station Biologique de Doñana.

Concrètement, participent à ce projet le Centre National d'Analyse Génomique (CNAG), le Centre de Régulation Génomique (CRG), le Centre de Recherches Biologiques CSIC (CIB), la Station Biologique de Doñana CSIC (EBD), le Primates Genomics Lab (IEB, CSIC-UPF), et le Groupe de Génomique de l'Évolution (UPF-IMIM).

 

Centre National d'Analyse Génomique (CNAG)

  • Fonction: Génération de données, assemblage du génome
  • Chercheur responsable: Ivo Gut
  • Équipe: Tyler Alioto, Mònica Bayés, Marta Gut, Simon Heath et Paolo Ribeca
  • Le Centre National d'Analyse Génomique a été créé en septembre 2009 avec le soutien du Gouvernement d'Espagne et du Gouvernement de Catalogne. Son travail est centré sur l'exécution de projets de séquençage et d'analyse d'ADN à grande échelle, qu'il mène à bien en collaboration avec des chercheurs espagnols et de la communauté internationale avec l'intention d'améliorer la compétitivité du pays dans le secteur stratégique que constitue la génomique.

  • Ce centre – dirigé par Ivo Gut – a une équipe de 40 personnes hautement qualifiées (la moitié possède un titre de docteur), dispose d'un équipement de 12 systèmes de séquençage de dernière génération, ce qui lui octroie une capacité de 600 Gbases/jour, ce qui équivaut à séquencer 6 génomes humains trente fois par jour. Le CNAG constitue la seconde institution de référence en Europe. Les opérations de séquençage sont épaulées par une vaste infrastructure informatique qui a été conçue, implémentée et administrée par le Centre de Supercalcul de Barcelone.

Centre de Régulation Génomique (CRG)

  • Fonction: référencement du génome, analyse du transcriptome, comparaison entre les génomes
  • Chercheur responable: Roderic Guigó
  • Équipe: Francisco Cámara, Salvador Capella-Gutierrez, Pedro Ferreira, Toni Gabaldón, David González, Jaime Huerta-Cepas, Ernesto Lowly, Marina Marcet-Houben et Guglielmo Roma.
  • Le Groupe de Bio-informatique et Génomique du CRG, dirigé par Roderic Guigó, axe son travail sur le développement des méthodes d'identification des zones fonctionnelles au sein des séquences génomiques et sur la recherche des causes sous-jacentes. Ils ont développé des outils qui se sont convertis en standards pour localiser de nouveaux gènes et pour référencer les génomes.

    Roderic Guigó participe au projet ENCODE, un consortium public de recherche dont l'objectif est de trouver des éléments fonctionnels au sein du génome, et où le groupe d'analyse du RNA est aux commandes. Ce groupe a participé à différents projets de génomique contribuant au référencement de gènes (moustique, rat, vache, poulet, Tetraodon, Dyctiostelium, puceron du pois, tomate, melon, les douze drosophiles, nombreux champignons, etc). De plus, il dirige le projet du génome de la souris.

 

CRG-Génomique comparative

  • Fonction: comparer le génome avec celui d'autres espèces.
  • Chercheur responsable: Toni Gabaldón
  • Équipe: Damien Mathieu de Vienne, Fran Supek, Gabriela Aguileta, Leszek P Pryszcz, Jaime Huerta-Cepas, Marina Marcet-Houben et Salvador Capella Gutierrez
  • L'intérêt essentiel de ce groupe est de comprendre les relations complexes entre les séquences du génome et les phénotypes et comment ceux-ci évoluent chez les différentes espèces. Généralement on utilise des approximations phylogénétiques à grande échelle qui permettent d'analyser l'évolution du génome à partir de l'ensemble de ses gènes, et on applique cette analyse pour répondre à une grande variété de questions biologiques en relation avec l'évolution et les fonctions des protéines et organites. Ils ont développé une série d'outils bio-informatiques et des bases de données pour l'analyse de ces questions qui ont trouvé un large usage dans la communauté scientifique.
  • Lien vers le groupe

 

Centre de Recherches Biologiques

  • Fonction: culture de cellules, création d'une librairie
  • Chercheur responsable: José Luis García
  • Équipe: Beatriz Galán
  • Le groupe possède une large expérience dans le secteur de la biochimie et de la microbiologie moléculaire axée sur le catabolisme des composés aromatiques générés par les micro-organismes. Sa recherche a abordé le séquençage des génomes de bactéries et de bactériophages. Plus significative pour ce projet est son expérience avec les technologies de séquençage de l'ADN, un champ qu'ils inaugurèrent avec l'implantation du premier séquenceur d'ADN automatique en Espagne. García a créé deux entreprises spinn-off dans le CSIC centrées sur l'analyse génomique (Lifesequencing) et sur le diagnostic génétique (Secugen)

 

Station Biologique de Doñana, CSIC (EBD)

  • Fonction: validation SNP, population et conservation en génétique, communication et coordination
  • Chercheur principal: José A. Godoy
  • Équipe: Mireia Casas-Marce, Fernando Cruz, Juan Miguel González-Aranda, Elena Marmesat et Laura Soriano
  • Le groupe de Conservation Génétique, dirigé par José Antonio Godoy a collaboré amplement dans différents champs scientifiques dans l'incorporation des marqueurs moléculaires aux études d'évolution génétique. Ses études couvrent une large variété d'espèces et, sont axées sur l'influence de la démographie et les processus évolutifs sur les étalons de variation génétique dans les populations sauvages. Le groupe a étudié quelques-unes des plus emblématiques espèces en danger d'extinction de la faune ibérique, en ce compris les gypaètes, l'aigle impérial, le sirli ricoti et le lynx ibérique.

    La recherche qu'ils développent en ce moment comprend l'analyse du niveau de variété génétique du lynx ibérique à l'heure actuelle et tout au long de l'histoire aux fins de comprendre les conséquences génétiques de ceci sur le déclin des espèces. Les analyses génétiques qui sont réalisées contribuent de plus à la conservation et à la gestion des animaux, quelque chose qui sera atteint au travers des accords de recherches avec les agences publiques. En outre, Godoy est le coordinateur du Groupe de Conseil sur les Aspects Génétiques pour le Programme de Conservation ex-situ du lynx ibérique et il agit en tant que coordinateur du projet du génome du lynx.

 

Groupe de Génomique de l'Évolution, UPF-IMIM

  • Fonction: empreintes de la sélection naturelle et innovation évolutive
  • Chercheur responsable: M. Mar Albà
  • Équipe: José Luis Villanueva-Cañas
  • Ce groupe, appartenant à l'Institut de Recherche Hospital del Mar, qui dépend de l'Université de Pompeu Fabra, emploie des méthodes de calcul pour apprendre sur l'évolution et les fonctions qu'ont les gènes et le génome des mammifères. Ils étudient la fonction de sélection positive dans l'évolution des gènes codificateurs de protéines et sa relation avec les adaptations physiologiques. Ils effectuent également des recherches sur l'apparition de nouvelles séquences de protéines et de gènes complets dans les génomes des mammifères en utilisant le séquençage du transcriptome et la génomique comparative.

 

Primates Genomics Lab, IBE, CSIC-UPF

  • Fonction: structure et variation du nombre de copies en génétique
  • Chercheur responsable: Tomàs Marques-Bonet
  • Équipe: Belen Lorente et Javier Prado
  • L'étude de ce groupe est axée sur la révélation du degré de polymorphisme structurel au sein du génome des espèces de grands singes. L'objectif est de parvenir à une vision complète et intégrale des variations structurelles qui se sont produites au cours de l'évolution en étudiant les changements dans la composition, la fréquence, la taille et la localisation de chaque point dans lequel l'homme diverge des autres primates. Les résultats de ces analyses permettront d'évaluer le rythme des variations génétiques dans l'évolution des primates, d'interpréter chaque région annulée tout comme celles qui ont été copiées de nombreuses fois. Cela permettra aussi de déterminer les étalons de sélection et si la diversité de ces segments est cohérente avec d'autres formes de variation génétique entre les humains et les grands singes. Le groupe a apporté son expérience dans les analyses du génome de l'être humain, du chimpanzé, du gorille, de l'orang-outan, tout comme dans celui de l'homme de Néandertal et de l'hominidé de Denisova.
Langues disponibles: Anglais Espagnol
Lynxexitu
 
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