La génomique
31/05/12 17:27

A portée de main : séquencer le génome n'est aujourd'hui plus prohibitif

La réduction exponentielle des coûts et du temps nécessaires à séquencer le génome d'un être vivant qui a été observée cette dernière décennie, a éliminé les principaux obstacles qui empêchaient d'aborder la composition génétique des autres organismes, ouvrant ainsi un nouveau champ d'action aux chercheurs et qui jusqu'à présent leur était interdit ou du moins permis à seulement quelques-uns d'entre eux.

Localiser les parties qui forment l'information génétique d'un individu – chez un être humain, ce sont 30.000 lettres qui se répètent formant des « phrases » distinctes – et les mettre en ordre est une opération très compliquée. Parvenir à composer la séquence génétique impliquait un énorme investissement d'argent et aussi de temps. Il y a dix ans, générer pour la première fois celui d'un humain a nécessité 2.700 millions de dollars et plus d'une décennie de travail de la part des chercheurs.

Aujourd'hui, les coûts d'un projet similaire tournent autour des 25 millions de dollars et le séquençage peut être terminé en seulement quelques années. Par conséquent, le développement technologique de ces dernières années, qui a impliqué une drastique réduction des coûts et du temps, a révolutionné la génomique et permettra une analyse beaucoup plus détaillée des êtres vivants.

Effectivement, on est parvenu à éliminer les facteurs principaux qui restreignaient la recherche à un petit nombre d'organismes et, dernièrement, des scientifiques du monde entier sont impliqués dans l'intention d'obtenir le génome de plus de 10.000 espèces de vertébrés pour pouvoir étudier ainsi son évolution à partir de ce nouveau point de vue.

Néanmoins, le séquençage du génome de la majorité des mammifères continue à être un défi pour les nouvelles techniques d'assemblage et ce, dû au fait qu'elles se basent sur le comptage de nombreuses séquences courtes qui peuvent être difficiles à aligner et assembler.

Dans tous les cas, l'évolution de ces nouvelles technologies a avancé jusqu'à la production de lectures plus grandes et, la croissante disponibilité de génomes plus ou moins reliés entre eux permet bel et bien d'avoir un support au moment d'en assembler de nouveaux. Par exemple, le projet pour déchiffrer le génome du bonobo (un gorille) est basé exclusivement sur la technologie Roche-454, une des plus récentes formes d'assemblage, grâce aux avantages que suppose le fait de compter avec le génome du chimpanzé, qui sont de très proches parents (avec 99,6% de similitudes dans la séquence malgré les 1,5 millions d'années de divergence).

Une preuve de la capacité de ces nouvelles technologies en plein développement est le séquençage du génome du panda, qui a été assemblé à partir de petites séquences d'ADN et sans la guidance de la séquence complète d'un animal génétiquement proche.

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A l'avant-garde

La génomique est synonyme d'avant-garde technologique. Une technologie de pointe et pas si chère. Le premier pas fut initié en lisant les presque 3.000 millions de « lettres » que forment le génome humain. Il y a de cela dix ans et grâce à cela s'est ouvert un nouveau monde de possibilités pour la biologie, la médecine et aussi les sciences qui étudient l'évolution des espèces.

En une décennie l'évolution exponentielle qu'a vécu la technologie de la génomique a permis de réduire de manière substantielle les coûts de séquençage génétique, ce qui a permis d'amplifier l'éventail d'espèces analysées. Le génome du panda fut mis à jour en 2010 et actuellement les scientifiques du monde entier poursuivent l'objectif de séquencer plus de 10.000 espèces de vertébrés afin d'étudier leur évolution.

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